各マップの最後にはボス妖怪が待ち受けていて、ボス妖怪を倒すことで次のマップへと進むことができるようになる。
ボスはタップで部位を選ぶ必要があったり、お邪魔玉を落としてきたりと通常の敵とは異なる特徴を持つが、どれもパズルゲームとしては微妙な感じでストレスの溜まる戦いが多い。
基本は火力PTでいっきに倒すか、回復役やさぼらせ役をいれて耐えながら戦うかのどちらかになる。