「妖怪メダル」とは、社会現象となったあの「リアル妖怪メダル」のQRコードを読み取り、ゲーム内の専用ポイントに換え、そのポイントでアイテムを手に入れたり専用バトルができる機能。
QRコードはメダランド同様サーバー側で管理され、QRコード1枚につき1回しか使えず（一度誰かが登録するとそのQRは二度と使えない）、ゲーム内に登録できるのも1種類について1枚のみなので登録可能なポイントには上限がある。（メダランドは1種類のメダルを何枚も登録可能）
また、妖怪メダルは現在1,000種類近く発売されているがその全てが登録可能というわけでなく、そのうち約8割りの820枚程度が現在（2016年1月時点）登録可能。
妖怪メダルポイントバトルでは、限定妖怪の「えこひい鬼」が登場する。